慶長（１６０２年）鹿野城主亀井茲矩（かめいこれのり）が、大井出用水の工事を始める際、傍に水路守護の神として市杵島姫命（いちきしまひめ‐の‐みこと）を祀って弁財天社となりました。明治元年八月、境内鎮座稲荷大明神（祭神　保食神）を合祀し、樋口神社と改称されました。